สาขาวิชาเกษตรกลวิธาน เดิมสังกัดภายใต้คณะเกษตรศาสตร์บางพระซึ่งได้รับการจัดตั้งในนาม "วิทยาลัยเกษตรกรรมบางพระ" จังหวัดชลบุรี เมื่อปี พ.ศ. 2501 สังกัดกรมอาชีวศึกษา กระทรวงศึกษาธิการจนถึงปี พ.ศ. 2532

       วิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจาก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช พระราชทานนามใหม่ เป็นสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล คณะเกษตรศาสตร์บางพระจึงเป็นคณะหนึ่งใน สังกัดของสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล

         ด้วยความต้องการด้านกำลังคนในการพัฒนาประเทศ และเป็นการขยายโอกาสทางการศึกษา  มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลจึงจัดตั้งองค์กรใหม่ยกฐานะของคณะเกษตรศาสตร์บางพระเดิมเป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออกในปัจจุบันและจัดแบ่งหน่วยงานออกเป็นคณะต่างๆ โดยสาขาวิชาเกษตรกลวิธาน เป็นหน่วยงานหนึ่งอยู่ในคณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ  มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก

        สำหรับสาขาวิชาเกษตรกลวิธาน ได้เปลี่ยนชื่อสาขาใหม่เป็นสาขาวิชาวิศวกรรมเกษตรและเทคโนโลยี ตามมติที่ประชุมของ คณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ ครั้งที่ 3 ลงวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2553 และรับรองผลการประชุมครั้งที่ 4 จากรายงานการประชุมการจัดตั้งส่วนงานวิชาการภายในคณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ ในการนี้นักศึกษาที่สำเร็จการศึกษายังคงได้รับคุณวุฒิตามหลักสูตรปริญญาตรี วิทยาศาสตรบัณฑิตสาขาวิชาเกษตรกลวิธาน เช่นเดิม

     สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตรและเทคโนโลยี มีการดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรให้สอดคล้องกับกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ (Thai Qualifications Framework for Higher Education, TQF:HEd) โดยผ่านการรับรองหลักสูตรจากการประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 4/2555 วันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2555 จึงเปิดดำเนินการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรปรับปรุงใหม่นี้ ในภาคการเรียนที่ 1 ปีการศึกษา 2555 โดยรับนักศึกษาที่สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาปีที่ 6 หรือประกาศนียบัตรวิชาชีพ (ป.ว.ช) มาศึกษาต่อในหลักสูตรระดับปริญญาตรี 4 ปี และรับนักศึกษาที่สำเร็จการศึกษาในระดับประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง (ป.ว.ส) มาศึกษาต่อในระดับปริญญาตรีเพิ่มเติมอีกประมาณ 2-3 ปี โดยใช้หลักเกณฑ์การเทียบโอนผลการศึกษาจากหลักสูตรระดับปริญญาตรี 4 ปี เพื่อเปิดโอกาสให้นักศึกษาสามารถศึกษาต่อได้ในระดับปริญญาตรี ซึ่งสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาได้รับทราบการให้ความเห็นชอบหลักสูตรนี้แล้วในวันที่  22  มกราคม พ.ศ. 2556